Чтобы понять, как наследуется цвет глаз, следует учитывать, что каждому человеку достаются гены матери и отца. При этом человек получает две версии каждого гена: один — от матери (на материнской хромосоме), другой — от отца (на отцовской хромосоме).
Это, по сути, ДВЕ версии одного гена. И называются эти две версии одного гена аллелями. Именно аллели в каждой паре и взаимодействуют между собой. И один аллель (версия гена (отцовская либо материнская)) может доминировать над другим.
КТО СИЛЬНЕЕ?
По классической трактовке, наследственность цвета глаз происходит следующим образом: доминируют «темные» цвета, а «светлые» — рецессивные.
Каждый ген в двух экземплярах
Например, при определении цвета глаз, темный цвет доминирует над синим, голубым и всеми «переходными» оттенками. Светлый оттенок при этом будет как бы «скрыт» (не проявляться) за счет того, что меланин синтезируется во внешнем слое радужной оболочки по «приказу» доминантного аллеля. И меланин во внешнем слое будет «перекрывать» синий цвет стромы. А это и будет определять цвет глаз. И пускай при этом работают много генов, но основным в определении цвета глаз есть один ген.
Этот ген называется OCA2.
Этот ген дает инструкции для белка, называемого P-белок, который помогает решить, сколько меланина производится в клетках верхнего слоя радужки. И он имеет 2 основных состояния (2 версии) – коричневый (меланин синтезируется) и синий (меланин не синтезируется) а цвет определяют лишь белки стромы.
Устоявшееся представление о том, что цвет глаз по наследству передается буквально, является ошибочным и устаревшим. Ребенок кареглазых папы и мамы вполне может быть голубоглазым, если у кого-нибудь из бабушек и дедушек или более отдаленных предков были светлые глаза. И родители получили от этих предков рецессивный аллель, который просто не проявляется под гнетом доминатного карего аллеля. Но может передаваться детям. И при встрече 2 рецессивных аллелей от таких кареглазых родителей возможно рождение ребенка с светлыми глазами.

Но возможны и неожиданные исключения. Например, когда у светлоглазых родителей могут родиться кареглазый ребенок.
В этом случае задействованы гены OCA2 и HERC2 (последний выполняет функцию «включателя/выключателя» OCA2). Если оба гена “не сломаны» и работают нормально, вырабатывается достаточно меланина (карие глаза). Если хотя бы один из них не работает нормально, то глаза будут голубые из-за отсутствия пигмента. ОCA2 непосредственно участвует в синтезе пигмента и если он рецессивен (по сути не работает), то цвет глаз будет голубыми. Если HERC2 не работает должным образом, он просто не включит OCA2 (даже если он доминантен и должен по идее давать много меланина в радужке), и меланин опять-таки не будет вырабатываться как при рецессивном ОСА2.
Но если ребенку достанется «рабочий» включатель HERC2 от одного родителя (голубоглазого, у которого ОСА2 был рецессивен) и доминатный ОСА2 от другого родителя (тоже голубоглазого, но уже с доминантным ОСА2, но с «нерабочим» его выключателем HERC2) то мы получим кареглазого малыша от голубоглазых родителей (и сам ген и его выключатель «заработают»).